>Что будет в access-логе? Т.е. в будут упоминаться оба домена или только
>http://subdomain.domain ???
В логе будет то, что описанов формате custom log. Или - без выкрутасов - там
будут оба варианта. Но почему Вас это беспокоит? Простейший перловый фильтр
решит проблему...