Просто нужно воспользоваться утлитой из awstats - logresolvemerge.pl
лежит она в INSTALL_AWSTATS_DIR/awstats/tools/...
Строка LogFile для хоста в конфиге awstats будет
logresolvemerge.pl понимает ужатые логи по расширению, выдает на выходе один
лог файл (в STDOUT) в хронологическом порядке.
Я пользуюсь для этого под freebsd /usr/ports/www/logtools - мне надо с
нескольких серверов собирать. Работает очень шустро (оно на Ц написано).
Есть ещё неплохая штучка /usr/ports/www/mergelog, но clfmerge из
logtools мне больше понравилось.