Это флаги под включение заголовков или задавать можно ?
Или nginx автоматом меняет ?
Это не заголовки, а FastCGI параметры.
По умолчанию передаются только
fastcgi_params remote_addr
server_name
server_port
script_name
request_uri
redirect_status
;
Для того, чтобы добавить document_root, нужно также перечислить
дефолтные параметры (если они, конечно, нужны).
Игорь Сысоев
http://sysoev.ru