<!--#include virtual="menu.html" -->
не работает, а
<!--#include virtual="/menu.html" -->
работает.
<!--#include virtual="menu.html" -->
не попадает ни в один location из "/", "~* \.shtml$" и "/cgi-bin"
и обрабатывается в конфигурации сервера, и скорее всего, для него
используется файл /home/cbr/public_htmlmenu.html, не разделённый слэшем.