nginx делает bind() только при старте или во время переконфигурации,
если появился новый listen, для которого нужно делать bind().
В данном случае похоже на то, что nginx каждые пять минут прибивают
и запускают вновь. Это так ?
По времени - могло попасть на log rotation при обработке суточной
статистики. Хотя, надо будет более внимательно посмотреть - что там
скрипты в это время делают.
log rotation нужно делать не HUP'ом, а USR1'ом.
Одна из причин, почему в nginx'е разделено вращение логов и
переконфигурация - чтобы в полночь из-за рутинной операции вращения
логов сайт не превращался в тыкву, если, например, он не смог отрезолвить
имена хостов в listen, proxy_pass или fastcgi_pass.
Игорь Сысоев
http://sysoev.ru