gzip $new_access $new_error;
rsync $dir/access*.log.gz rsync://kyf.vpn:/nginx/
А может быть такое, что на незагруженный сервер никто не приходил ?
Можно для проверки сделать следующее - на паре незагруженных серверов,
замеченных в пустых логах, создать два лога: один с буферизацией,
а второй - без.