Да, конечно. Изменение версии связано только с изменением во внутреннем API.
С точки end-user'а ничего не поменялось.
Изменения в nginx 0.4.0
30.08.2006
*) Изменение во внутреннем API: инициализация модулей HTTP перенесена
из фазы init module в фазу HTTP postconfiguration.
*) Изменение: теперь тело запроса в модуле ngx_http_perl_module не
считывается заранее: нужно явно инициировать чтение с помощью метода
$r->has_request_body.
*) Добавление: модуль ngx_http_perl_module поддерживает код возврата
DECLINED.
*) Добавление: модуль ngx_http_dav_module поддерживает входящую строку
заголовка "Date" для метода PUT.
*) Добавление: директива ssi работает внутри блока if.
*) Исправление: происходил segmentation fault, если в директиве index
использовалась переменные и при этом первое имя индексного файла
было без переменных; ошибка появилась в 0.1.29.