Да наоборот, mysql почти не используется. Резолвинг отключён, с лимитами и таймаутами вроде всё ok . Канал забит рсинком(конкретно в этом случае). Я наблюдал такую ситуацию 3 раза на linux серверах (2.6). Один раз долго разбирались с челами из #mysql на фриноде, но ни к чему, к сожалению, так и не пришли.
Можно, наверное повторить эксперимент, заюзать strace, или ещё что-нить такое. Просто, я думаю, что не первый сталкиваюсь с такой особенностью.
