Неоднократно наблюдал у себя следующую картину: во время работы "долгоиграющего"
скрипта весь остальной сайт замирает вплоть до proxy timeout. За тем же nginx-ом
сидит отдальный сайт на апаче -- он в эти периоды отвечает. То есть, затыкается
именно связка с fcgi.
Скрипты -- php-fpm через юникс-сокет, но то же самое наблюдалось и при работе
с spawn-fcgi через tcp/ip. В чём тут может быть затык? Воркеров в nginx четыре,
процессов php-fpm -- стандартные пять. Скрипт-блокировщик, конечно, кушает
процессор, но не на 100%, да и процессоров в системе два -- ресурсы есть.