Неоднократно наблюдал у себя следующую картину: во время работы
"долгоиграющего" скрипта весь остальной сайт замирает вплоть до proxy
timeout. За тем же nginx-ом сидит отдальный сайт на апаче -- он в эти
периоды отвечает. То есть, затыкается именно связка с fcgi.
Скрипты -- php-fpm через юникс-сокет, но то же самое наблюдалось и
при работе с spawn-fcgi через tcp/ip. В чём тут может быть затык?
Воркеров в nginx четыре, процессов php-fpm -- стандартные пять.
Скрипт-блокировщик, конечно, кушает процессор, но не на 100%, да и
процессоров в системе два -- ресурсы есть.