а чему равен $document_root ?
в той конфигурации что вы привели нет директивы root
Вот я в святой наивности и считаю, что $document_root должен быть для
каждого виртуального сервера своим. Или это не так?
какой зададите - такой и будет. Сам nginx за вас ничего, кроме дефолта,
не придумает.
Если это не так, то я считаю это багом nginx, потому что тогда он не
должен позволять использование $document_root в limit_zone в общей
секции http, а не в server. Или я опять что-то не понимаю?
Если не задаёте root, видимо получаете одинаковое значение для всех
виртуальных хостов.