Слишком умным nginx - как уже здесь говорили, такой нам не нужен.
Патамучта ошибки в конфигурации выловить станет оч-чень трудно. Если
вообще окажется возможным.
Вот и не надо быть слишком умным - если $document_root не установлен для server, а limit_conn с $document_root используется внутри сервера, то надо об этом сказать! Пусть даже это будет не error, а warning.
:)