Я собираю так:
/configure
--conf-path=/etc/nginx/nginx.conf --pid-path=/var/run/nginx.pid
--error-log-path=/var/log/nginx/error.log
--http-log-path=/var/log/nginx/access.log --with-http_ssl_module
--with-pcre=/home/username/pcre-7.7 --with-zlib=/home/username/zlib.1.2.3 (две
последних фишки – это исходники pcre
и zlib, необходимые для компиляции)