В одном из каталогов было очень много файлов (кэш, 160Мб мелких файлов), с этим кэшем работал скрипт по крону. Скрипт стартовал раз в 10 минут, отсюда и вытекает проблема, о которой я писал.
По всем параметрам сервер вроде как простаивал, на самом деле работал.
160Мб файлов это конечно не сильно много, но с учетом того что это VPS...
Ну и у меня ощущение сложилось, что сервер (или клиент) не может куда-то достучаться, ждёт timeout-ов, и стучиться снова.
Вот я и предположил что проблема может быть где-то в DNS, потому что
>> При отсутствующей нагрузке страница может до 30-40 сек.
Значит дело не в загрузке и вообще вероятно не в железе
>> как она загрузилась, при ее обновлении, эта же страница начинает загружаться быстро до какого то момента.
Значит, кэшируется что-то
>>После чего ситуация повторяется (после определенного временного интервала).