Да, есть такая проблема.
В свое время я тоже с этим стоклнулся. Ставил syslog-и в mod_authz_host
оказалось, что в этом модуле адрес остается неизменным (адрес nginx с
которого было установлено соединение) в то время как в логах и
$_SERVER['REMOTE_ADDR'] был верный адрес из X-Real-IP.
Имхо, тут apache крутить надо. У меня мозга не хватило =)
В своё время тоже столкнулся с непонятным поведением mod_rpaf.
Что побудило написать свой модуль. Можете попробовать мой.
В аттаче src.rpm для CentOS и сам исходник модуля для не rpm-based систем.
src.rpm пересобирается как обычно.