Михаил, очень похоже, что апач медленно передает ответ nginx'у. Попробуй увеличить proxy-буфферы в nginx'е, если память позволяет, можешь не скупиться :) Проверить очень легко -- пишешь коротенький скрипт, который медленно (через sleep) забирает ответ от nginx, а в этот момент смотри на apache server-status, процессы должны быть свободными (апач быстро отдал ответ nginx'у и освободился).
Плюс в своих скриптах поставь alarm, на 150 секунд, сразу поймешь в чем дело.
Отсортировал тут минутный аксес-лог по $request_time , дабы получить
самые медленные запросы и обнаружил, что некоторые из них выполнялись
чудовищно долго:
154.996
175.899
178.914
180.121
182.835
193.889
226.150
274.892
338.410
544.435
608.152
701.541
807.495
1016.948
Это в секундах.
В листе нашёл:
> $request_time - это время обработки запроса. Считается от получения первых
> данных от клиента до оправления последних данных для клиента в ядро.
Почему ядро так долго не хочет забирать данные или клиент медленно нам
закачивал http-запрос (хотя accept_filter=httpready вроде есть) или
тут что-то другое?