Попробуйте
http://lists.lexa.ru/nginx-ru/msg19663.html
и сравните свои настройки с
net.core.netdev_max_backlog = 16384
net.core.somaxconn = 262144
net.ipv4.tcp_max_syn_backlog = 262144
net.ipv4.tcp_max_tw_buckets = 720000
net.ipv4.tcp_tw_recycle = 1
net.ipv4.tcp_tw_reuse = 1
Best regards,
CoolCold [COOLCOLD-RIPN]