Тогда наверно должно быть наоборот?
default: autoindex_ignore_dotfiles on (не показывать скрытые файлы)
а при off показывать (НЕ игнорировать) скрытые файлы
И назвать её тогда лучше будет autoindex_ignore_hidden
Хотя в любом случае апачевый IndexIgnore работает ни так и ни сяк
--
С уважением,
Торочков Алексей