limit_conn указывать только в location с proxy_pass http://apache;
именно там оно и указывается, только что по сути это меняет?
проблема в том, что 100 медленных клиентов будут тянуть ответы от апача,
в то время как соединения с ним уже освободились, но данная шайба не
даст установить новые, пока ответ не будет полностью отдан клиенту
Нет, limit_conn в location с proxy_pass http://apache; будет ограничивать только
количество коннектов между nginx и apache, а не между nginx и клиентами. Медленный клиент
или быстрый - apache всё равно отдаёт результат запроса быстрому nginx'у.