Include'ы в ssi nginx'ом обрабатываются параллельно. Если вы
хотите контроллировать последовательность их выполнения -
используйте параметр wait. Подробности тут:
В 0.7.25 была изменена обработка подзапросов. Ранее
существовавший код фактически приводил к неявному wait для
статических файлов, и поэтому приведённый ssi работал как
ожидается. Теперь не приводит, wait надо указывать явно.
Вроде предлагал тут кто-то сделать это поведение настраиваемым
посредством опции в конфиге. Очень много вопросов в этой рассылке
никогда не появится, если ввести такую директиву :-)