Добрый вечер!
Да, такое было вполне возможно, т.к. клиентские настройки сразу
вливаются в конфиг. Но, к сожалению, правильно переписывать конфиг (с
mv) не можем, т.к. рулит конфигами закрытый софт.
Покажите этот тред авторам закрытого софта, пусть лечат у себя.
Ну или обойдите проблему, подсовыванием nginx'у заблокированной перед копированием чем-то
вроде flock копии генерируемого конфига, а не самого генерируемого конфига.