Запустите 2 nginx-а, каждому юзеру по штуке. :)
А вообще-то нативная поддержка разных UID для воркеров была бы
актуальной. Возможность прописывать user\group на уровне server, а
воркеры бы запускались setuid()-нутыми при нужде.
Апач, наверное, (но не смотрел), такое умеет.
Если nginx будет запускать воркеры при необходимости и передавать
специализированым воркерам сокет, то получится Апач.
А он уже есть, зачем писать новый ?