Дело не в том, что буду делать я, а в том, что сервера ведут себя по разному с точки зрения разработчиков. Когда я им говорю: вначале удалите файл, затем замените на новый, они задают резонный вопрос "А почему на старом сервере все и так работало?". Вот я и пытаюсь понять, почему. При этом кэш nginx на старом сервере работает (если его отключить, серверу становится намного хуже).
У вас точно конфигурация серверов совпадает? Например файловые системы и точки монтирования?