merge_slashes имеет смысл указывать только в сервере по умолчанию,
т.к. он работает на этапе парсинга заголовков запроса, до того как
name-based виртуальный сервер определён.
Если приведённый блок server{} не является сервером по умолчанию -
поведение ожидаемо.