В первый раз сталкиваюсь с таким явлением, может есть какие-то нюансы
именно для флэша? Или как правильно делать замену статики чтобы не
получать лаг в несколько сотен битых загрузок?
Делать атомные операции, то есть на сервер заливаете player.swf.tmp и потом делаете mv player.swf.tmp player.swf