давайте разбираться. если запускать nginx в консоли (это штатный режим, так работают назначенные задания), то завершение задания с точки зрения мастер-процесса выглядит, как CTRL_CLOSE_EVENT в функции-обработчике ngx_console_handler
worker-процесс в это время залипает в функции ngx_worker_process_cycle в цикле "ev=WaitForMultipleObjects()"
соответственно, закрытие мастера путем закрывания не приводит к тому, что в данном месте возникает какое-то событие.