Максим, спасибо за ответ.
Если вы про определение переменной $script, то даже если от него отказаться и использовать штатную переменную $fastcgi_script_name, то от этого то, к ему обращается nginx не меняется. Для меня остается вопросом, почему игнорируется / в пути, то есть почему nginx обращается к файлу:
/ff9cf78666f326226e5328cd01e82e53804d7a44.png/.php
А не к :
/.php
Что же до ничего не считает, то это абсолютно понятно и к этому вопросов нет.