1) Отдельный location для robots.txt заведите на каждом домене (если серверы определены независимо несколько раз для каждого домена)
2) если server определён один раз со множеством server_name, то:
location = /robots.txt {
alias /path/to/robots/folder/$server_name/robots.txt ;
}
как-то так (писал по памяти, мог ошибиться)