Вам нужно добиться, чтобы php-скрипты запускались с правами пользователя, которому принадлежит сайт. На остальные сайты соответственно поставите права 0750 а апача и nginx добавите в группу пользователя, чтобы они могли читать файлы.
Как добиться? Разные способы есть. Например использование вместо mod_php для PHP режимов suexec или fastCGI. Есть ещё и всякие модули к апачу типа mod_suid, mod_ruid которые работают совместно с mod_php.