Здравствуйте.
В таргете upgrade -QUIT.
Это работает, воркеры начинают завершаться, вслед за ними старый мастер.
После смерти мастера умирает все.
Nginx запускается вот так:
/usr/sbin/nginx -g daemon off;
Видимо чтобы systemd мог следить за master-процессом.