Могу сказать, что разница есть в занимаемой памяти (FastCGI жрет меньше), в LA (у FastCGI ниже), по процессорной загрузке пока не совсем понятно. В общем можно сказать, что если нет жестких привязок к .htaccess и другим фичам апача и не лень переписать все на конфиги nginx - есть смысл перейти на nginx + FastCGI.