Очевидно nginx посылет дефолтный путь, ибо указанного пути нигде в конфиге нет (был изначально и как видно выше был заменён)
Насколько я понимаю этой переменной пользутся многие скрипты для своих нужд и передавать её неверно не есть хорошо для стандартного конфига которым будут пользоваться многие начинающие пользователи nginx. Возможно имеет смысл использовать схожую декларацию предложенную где-то тут в рассылке:
В этом случае и гибкость остаётся прежней, и править надо при мигрировании как и раньше всего один параметр и заодно DOCROOT верно передаётся, уверен проблему можно решить ещё как-то иначе