В итоге выяснили что причина скачков во времени была в самом таймере
используемом в Linux. Подробности тут: http://lkml.org/lkml/2007/8/23/96
TSC заменили на HPET. На лету это делается в
/sys/devices/system/clocksource/... В загрузчике при помощи clocksource=hpet
Игорь, еще раз спасибо за помощь.
